班师回朝的半路上，李世民接到快报：薛延陀真珠可汗死，其二子曳莽和拔灼之间不合，拔灼趁葬真珠可汗之机，袭杀曳莽，自立为颉利俱利薛沙多弥可汗，多弥可汗继位后发兵进犯夏州。

李世民于贞观十九年（645年）十二月二十五，诏令右卫大将军薛万彻、夏州都督乔师望、右领军大将军执失思力等征兵应战。

贞观二十年（646年）正月，李世民收到内线来报，说是刺史、县令以下的官吏多被罢职贬官，而那些被免官之人大多在朝中喊冤。

李世民起初愤怒：“朕让太子监国，怎会有如此结果？”

武媚于深夜在李世民耳旁问：“陛下在京之时，可对太子处理政务之事满意？”

李世民道：“朕在京时，对太子所为很满意。可如今，朕不在他身边，不知他是否因朕之所不在，而为所欲为。”

武媚用手轻轻地抚摸着李世民的脸庞：“陛下让人查一查，便知其真相。不如就直臣孙伏伽去查明事情的真相。”

正月十四日，李世民下诏，命大理寺卿孙伏伽等二十二人巡察全国各地，查明事情真相。又命禇遂良按类写明情况上呈，由李世民亲自断定喊冤之人的罪行。

查下来的结果，让李世民出乎意料之外，被免官之人，还有死刑犯。

由此，李世民对李治的治国之道更加的赞同。

贞观二十年（646年）三月初七，李世民回到长安，就东征之事问李靖：“朕倾全国兵力却受困于小小的高句丽，是何故啊？”

李靖虽在长安养病，却一直关心着战事，有关东征之事的细节，他是知道的：“陛下问问李道宗，便知道了。臣听闻，李道宗曾请求率精兵五千，奇袭平壤。然，陛下并没有同意。不知，可有此事？若以奇制胜，或许此战不会如此。”

李世民拍了拍脑门：“哎，朕若带着你，哪怕你在病榻之上，也能为朕出谋划策。便不会让朕损失那么多的将士，却无功而返了。凿门初奉律，仗战始临戎。振鳞方跃浪，骋翼正凌风。未展六奇术，先亏一篑功。防身岂乏智，殉命有余忠。”

李靖宽慰李世民：“陛下莫要伤感，胜败乃兵家常事。微臣这里有一些手记，记载着臣对军事的一些想法，希望有一日臣不在了，这些手记能帮到陛下。”

李世民反而更加伤感了：“卫国公，你会好起来了，朕不能没有你。”

李靖道：“陛下，微臣会保重身体的。只是，有些事情非人力所能为。陛下带伤而回，更需要保重龙体才是。”

李世民道：“朕受伤中毒一事，还需要对外守口如瓶。对外就称朕是生病了，小病而已。”

因为李治处理的政务让李世民很满意，李世民便养病为由，于次日诏令朝中军国大事一并委托皇太子李治处理。

于是，李治每隔一日便在东宫处理政务，事后再回到李世民的身边，伺候着李世民服药。

李治一则是孝顺，二则是为了能见到武媚。

李世民还全然不知道李治对武媚的男女之情，他只认为武媚看着李治长大，二人自是感情不错。加之，自李世民给李治选了萧良娣，萧良娣初嫁于李治，次年就产下了义阳公主，如今又将临产。

李世民觉得，李治是很喜欢萧良娣的：“雉奴，朕听说你专宠萧良娣，她又要为你产下皇子了。太子妃王氏，虽说你不太喜欢，也别太冷落了。”

李治答：“是的，父皇。”

李世民感觉稍微的好了一些，见李治终日又是处理政务，又是伺候于他身旁，很是劳累，便劝李治：“雉奴，近日辛苦你了，朕准你出宫游玩，以放松身心。”

李治摇了摇头：“不，父皇还未康复，儿臣怎可出去游玩？”

李世民道：“朕有武才人伺候于左右，你可放心的去。”

李治道：“父皇不康复，儿臣也无游玩之心。”

李世民想了一想，看着李治：“你终日奔走于东宫与朕的身边，太过辛苦。你就住到朕的寝宫别院吧！”

李治很高兴：“好的，父皇，离您近一些，不管是照顾父皇还是请教政务之事，都方便了不少。”

实则，是李治高兴于有更多的时间看到武媚了。